（1）近交 人们普遍了解“近交有害”，因此，在一般牛场制定选配计划时，首先都重点考虑避免近交。加拿大遗传学家Miglior博士研究发现，荷斯坦牛的近交系数每增加1％，第一胎产奶量就会下降25千克，脂肪量下降0.9千克，蛋白量下降0.8千克。一般要求近交系数不大于6.25％。但在牛群中为了某些目的，可以采用有亲缘关系个体间的选配，其近交系数可超过25％，因为近交能使后代的某些基因纯化，在培育高产奶牛的工作中，如果能巧妙地运用近交的特点，可以收到意想不到的效果。近交在奶牛育种中有以下用途：
固定优良性状 近交的基本效应是使基因纯合，因而可以利用这种方法来固定优良性状。近交多用于培育种公牛，当发现优秀的种公牛时往往通过近交有意识地固定优良性状，并使之稳定地遗传给后代。历史上许多著名品种的育成中，为了固定某些种牛的优良特性，都应用近交以迅速达到目的。目前加、美等国的著名种公牛，大部分都有一定程度的近交。
剔除有害基因 有害基因大多数是隐性的，在非近交情况下有很大的概率是处于杂合状态而不表现，通过近交，基因趋于纯合，有害隐性基因得以暴露，将表现不良的个体淘汰。一般地，当一头公牛与其25头左右女儿交配，即可测得公牛所携带的全部隐性有害基因。对经验证带有致死或半致死基因的公牛不应继续使用，这样就可大大减少牛群中有害基因频率。保持优良个体的血统 按照遗传学原理，任何一个祖先的血统，在非近交情况下，都会随着世代的更迭不断地半化，只有借助近交，才可能使优秀祖先的血统，长期地保持较高的水平而不严重下降。因此在牛群中出现了某些出类拔萃的个体并需尽量地保持这些个体的优良特性时，可考虑用这头公牛与其女儿交配，或子女间交配，或采用其他的近交形式，以达到这个目的。
提高牛群的同质性 近交使基因纯合的同时，可造成牛群分化，出现各种类型的纯合体，再结合严格的选择，就可得到比较同质的牛群。较同质的牛群间互相杂交，就可望获得较显著的杂种优势，而且后代较一致，便于规范化饲养管理。
（2）远交 采用远交时要特别注意种公牛的选择，根据选配计划，决定采用同质或异质选配。
